Secara umum, tugas utama UIN Maliki Malang adalah melaksanakan Tridharma Perguruan Tinggi, yang meliputi:

1. Pendidikan dan Pengajaran:Menyelenggarakan program pendidikan tinggi yang mencakup ilmu-ilmu keagamaan Islam dan ilmu-ilmu umum.
2. Penelitian:Mengembangkan ilmu pengetahuan melalui penelitian yang menerapkan paradigma integrasi ilmu, yakni memadukan metode ilmiah konvensional dengan sumber-sumber ajaran Islam, seperti Al-Qur’an dan Hadits.
3. Pengabdian kepada Masyarakat:Melaksanakan kegiatan pengabdian yang berbasis pada hasil penelitian dan keilmuan untuk kemaslahatan umat dan pengembangan peradaban.

Di samping Tridharma Perguruan Tinggi di atas UIN Maulana Malik Ibrahim Malang diharapkan juga sebagai Pusat Peradaban Islam  dan kekuatan strategis dalam mewariskan kekayaan peradaban dan pemikiran Islam.

Dalam melaksanakan tugas tersebut, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang menjalankan fungsi: 1) perumusan dan penetapan visi, misi, kebijakan, dan perencanaan program; 2) penyelenggaraan dan pelaksanaan pendidikan akademik, vokasi dan/atau profesi, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat dalam bidang ilmu pengetahuan dan teknologi keagamaan Islam dan ilmu umum; 3) pelaksanaan pembinaan sivitas akademika; dan 4) pelaksanaan administrasi dan pelaporan.